특정 응용프로그램을 실행할 때 창이 사라져서 창 조작이 불가능합니다.

Matlab이나 Java 응용프로그램 등을 실행할 때에 윈도우 매니저가 사라져 윈도우 관리를 할 수 없는 것은 그 프로그램이 로컬 PC의 윈도우매니저를 임의로 종료시켜 버리기 때문입니다. 

Xconfig를 실행하여 프로파일의 등록 정보에서 다중 윈도우 모드를 선택하고 윈도우 매니저를 '로컬만 사용'으로 선택한 후 Xmanager를 재시작하면 문제를 해결할 수 있습니다. 또는 Xstart로 xterm을 실행한 후 twm, mwm 등의 다른 윈도우 매니저를 실행하는 방법도 있습니다.